医院构建以董事会、监事会、医院管理团队“三权分立”的法人治理结构，建立现代医院管理体制。董事会由深圳市政府、香港大学代表以及社会人士代表组成，是医院的最高决策机构。监事会由深圳市政府和香港大学派出的代表以及医院职工代表大会派出的代表共同组成。医院管理团队负责医院日常运营管理，监事会负责监督董事、医院管理团队成员的职务行为。

       同时，医院设置院务管理委员会、岗位设置和薪酬审核委员会、医疗质量与安全管理委员会、内部审核委员会等12个常设专业委员会，辅助管理团队进行专业化决策与管理。